A função mais importante de HJSplit é a junção dos arquivos separados. É importate ressaltar que para se juntar os arquivos é necessário ter o programa no computador portanto, se houver transferência de arquivos entre computadores diferentes verifique se todos eles possuem o software. Um ponto positivo deste aplicativo é sua multiplicidade de sistemas operacionais em que funciona — Windows 95/98/NT/2000/XP, Linux, Java, OS/2, Windows 3.x, MS DOS e Amiga.